ویلی نهنگ دوباره بازگشته است، این بار تهدید شده توسط شکارچیان غیرقانونی که از سوشی پول درمی‌آورند. جس، اکنون ۱۶ ساله، شغلی در یک کشتی تحقیقاتی نهنگ‌ها گرفته است، به همراه دوست قدیمی‌اش رندولف و یک دانشمند کنایه‌آمیز به نام درو. در کشتی شکارچیان، کاپیتان جان وسلی و پسرش، مکس، حضور دارند که از شغل پدرش چندان راضی نیست، اما جرات بیان آن را ندارد. در طول داستان، ویلی دوباره با جس دیدار می‌کند.