کانزو هاتوری، شاگرد نینجا، از شهر خانگی خود ایگا برای آخرین آموزش خود بیرون می‌آید. او باید به شهر ادویو (توکیو) برود و نخستین فردی که ملاقات می‌کند استاد او خواهد بود که باید با جان خود از او حفاظت کند و در عین حال به کد نینجا پایبند باشد. همچنین در ادویو، هاتوری باید بفهمد چرا رقبای آن‌ها، نینجاهای کگا، پیشرفته‌اند در حالی که نیناهای ایگا در حال نابودی‌اند. استاد هاتوری کینیچی، پسری نُه ساله است. کینیچی درون‌گرا و چندان محبوب نیست و بنابراین هرگز با دیگر بچه‌های مدرسه بازی نمی‌کند. کینیچی همچنین به دختری جوان به نام مدیوری احساس علاقه پنهانی دارد، اما در برابر صحبت با او قدری خجالتی است. با این حال، هنگام تماشای تلاش بی‌وقفه هاتوری، او نیز به انجام تلاش می‌افتد. در عین حال، افراد بی‌هوش پیدا می‌شوند و بدن‌هایشان به طور کامل علامت‌گذاری نشده‌اند. تمام قربانیان تتو دارند (نشان نینجای کگا) و کنار جسدها نیز یک چاقوی پرتاب یافته است.