در حالی که جنگ کلون ها در کهکشان در حال وقوع است، شوالیه های قهرمان جدای تلاش می کنند تا نظم را حفظ کرده و صلح را بازگردانند. سیستم های بیشتری به نیروهای سمت تاریک تسلیم می شوند در حالی که جمهوری کهکشان به تدریج تحت تأثیر جدایی طلبان و ارتش بی پایان ربات های آنها قرار می گیرد. آنakin اسکای واکر و پادوانش آhsoka تانو خود را در مأموریتی با پیامدهای دوربرد می یابند، مأموریتی که آنها را رو در رو با جنایتکار بزرگ جابا هات می آورد. اما کنت دوکو و عوامل شیطانی او، از جمله آساژ ونترس بدجنس، در هیچ چیزی برای اطمینان از شکست آنakin و آhsoka در مأموریتشان کوتاهی نخواهند کرد. در همین حال، در خط مقدم جنگ کلون ها، اوبی وان کنوبی و استاد یودا ارتش کلون بزرگ را در تلاشی شجاعانه برای مقاومت در برابر نیروهای سمت تاریک رهبری می کنند.