ماجراهای مأموران ویژه FBI، فاکس مالدر و دنا اسکالی که به بررسی پرونده‌های ایکس می‌پردازند: موارد حاشیه‌ای و حل‌نشده‌ای که شامل پدیده‌های فراطبیعی هستند. مالدر به وجود بیگانگان و پدیده‌های فراطبیعی اعتقاد دارد در حالی که اسکالی، که یک شک‌گر است، به منظور انجام تحلیل‌های علمی بر روی کشفیات مالدر منصوب شده است تا کارهای او را رد کند و بدین ترتیب او را به پرونده‌های اصلی بازگرداند.