عصر کیهانی 71. بشریت به دو زیرگونه تقسیم شده است: طبیعی‌ها که در زمین زندگی می‌کنند و هماهنگ‌کننده‌ها که انسان‌های ژنتیکی بهبود یافته‌ای هستند و قادر به تحمل سختی‌های فضا هستند و در مستعمرات مداری به نام PLANTs زندگی می‌کنند. داستان حول یک هماهنگ‌کننده جوان به نام کیرا یاماتو می‌چرخد که در جنگ بین این دو نژاد درگیر می‌شود، پس از اینکه یک مستعمره فضایی بی‌طرف که به‌طور مخفیانه در حال توسعه موبایل سوئیت‌ها برای اتحاد زمین است، توسط نیروی نظامی PLANTs، ZAFT، مورد حمله قرار می‌گیرد.